该目录明确,二级及以上医疗卫生机构用准入法,可报销药品1988种；苏木乡镇卫生院、社区卫生服务中心和嘎查村卫生室、社区卫生服务站,使用甲类药品、“国家基本药物目录品种”、“常用低价药目录品种”予以报销。中药饮片部分用排除法,规定基金不予支付费用的药品。
甲类药品和“国家基本药物”、“常用低价药”全额列入报销基数,其中国家基本药物可在各定点医疗卫生机构原报销比例基础上提高10%报销,民族药（蒙药）在原报销比例基础上可提高15%。乙类药品按90%纳入报销基数。一级医院需全部使用甲类药品和“国家基本药物”、“常用低价药”,二级医院甲类药品和“国家基本药物”、“常用低价药”使用比例需在药品总费用的80%以上,三级医院甲类药品和“国家基本药物”、“常用低价药”使用比例需在药品总费用的60%以上。
一级医院不得使用目录外药品,二级医院目录外药品使用比例不得超过药品总费用的5%,三级医院目录外药品使用比例不得超过药品总费用的10%。